一、装卸镜头
首先将选好的目镜插入镜筒上部，并使十字丝处于东西、南北方向上。然后，选择适当倍数的物镜装入镜筒的下端。由于偏光显微镜的类型不同，物镜的装卸方法各异。如弹簧卡型，须将物镜的小钉夹于弹簧卡的凹陷处；转盘型，须先将物镜安装在可以转动的转盘上，再将选用的物镜转到镜筒的正下方，恰至转盘槽内(有轻微响声)卡住为止；螺丝扣型，将选用的物镜装在镜筒下端的螺丝扣上，拧紧即可。
二、调节照明(对光)
装上中倍物镜(8×或10×)及目镜，推出勃氏镜和上偏光镜，打开锁光圈，使偏光显微镜的光路畅通，然后观察镜筒内视域，转动反光镜对准光源或者打开光源电源，进行调节，直至视域最亮为止。
三、调节焦距(准焦)
欲使物像清晰，必须调节焦距。其步骤如下：先将矿物薄片置于载物台中心，用薄片夹夹紧(必须使薄片的盖玻片朝上，否则不能准焦)；然后从侧面观察镜头，转动镜筒粗动螺旋，将镜头下降到低位置，若用高倍物镜则需下降到几乎与薄片接触为止。再从目镜中观察，旋转粗动螺旋，使镜筒缓缓上升，升至视域内物像基本清楚后，再旋转微动螺旋，使物像清晰为止。Olympus BX41型显微镜镜筒是固定的，调节焦距由升降物台完成。
准焦以后，物镜前端与薄片平面之间的距离称工作距离。其长短与物镜的放大倍数有关，低倍物镜的工作距离较长，高倍物镜的工作距离较短。新型的显微镜大多设置了安全限高装置。
四、校正中心
显微镜上载物台的旋转轴、物镜的中轴及目镜的中轴应处于一直线上，这样，当转动载物台时，视域中心的物像原地不动，中心以外的物像则绕中心作圆周运动。如果上述三轴不在一直线上，则称为中心不正。此时，旋转物台，视域中心的物像会偏离视域中心，甚至跑出视域之外，妨碍观察。这时必须进行中心校正，使物台旋转轴与物镜中轴吻合。中心校正的正确步骤如下：
(1)将物镜安装在正确的位置上，准焦后在视域里选择薄片上一点a，移动薄片使点a位于十字丝交点，将薄片固定。
(2)旋转物台一周，若点a离开中心，以另一圆心o点作圆周运动，则证明中心不正，需要校正。
(3)旋转物台180°，使a点由十字丝交点移至a′处。
(4)扭动物镜上的校正螺丝，使a′点移至偏心圆圆心o点，初校即算完成。
(5)移动薄片，将点a从o点移至十字丝交点旋转物台检查，若已校好，则点a不动，否则尚需重复前述操作步骤加以校正。
校正中心步骤示意
当偏心很大时，转动物台a点由十字丝交点跑出视域之外，则可以根据a点移动情况估计偏心圆的圆心位置和直径，将点a转回十字丝交点，扭动物镜上的校正螺丝，使点a向偏心圆的圆心点的反方向移动相当于偏心圆半径的距离，然后按偏心不大的情况校正。
五、偏光镜的校正
偏光显微镜上的上、下偏光镜的振动方向应当正交，下偏光镜振动方向PP应平行于东西方向，上偏光镜的振动方向AA应平行于南北方向，即分别与目镜十字丝平行，如果不是这样，就必须加以校正。
1.下偏光镜振动方向的确定
通过黑云母颜色变化来确定。在单偏光镜下使用中倍镜准焦后，在薄片中找一个具有极解理的黑云母置于视域中心，转动物台，当黑云母颜色最深时，解理缝的方向即为下偏光镜的振动方向PP。
下偏光镜振动方向的确定
由于黑云母解理面内有较多的色素离子，如：Fe3+，Cr3+，Ti4+，Mn2+等，它的排列较紧密，当光波平行这一方向振动时，吸收性强，颜色较深，故Ng、Nm呈棕褐色，垂直黑云母解理面的色素离子(Fe3+，Ti4+，Mn2+)排列稀疏，并与K+呈相间排列，吸收性差，颜色较浅为Np，呈浅黄色。
2.上偏光镜振动方向的校正
下偏光镜的振动方向调整好后，推入上偏光镜，如果视域呈黑暗，说明上、下偏光镜振动方向正交；否则应转动上偏光镜的偏振片，直至视域最黑为止，即上、下偏光镜振动方向已经正交。
六、视域直径的测定
(1)测量中倍或低倍物镜的视域直径，可用透明方格纸或带刻度的三角板测量，测量时将它们放在载物台上，对准焦点，观察视域直径等于几毫米，将此数值记录，以备日后查用。
(2)高倍物镜视域直径，可用载物台显微尺测量，载物台显微尺总长1～2 mm，刻有100～200个方格，一般嵌在玻璃片上，每小格相当于0.01 mm。
测量时将载物台显微尺置于载物台上，对准焦点，使它的零点与目镜微尺的零点重合，观察视域直径等于显微尺的几小格，若为20小格，则视域直径为20×0.01 mm=0.2 mm。
